建模+DFT计算还可以这么玩?
Q-Flow(在线可视化提交任务功能)以及 Q-Studio(在线建模功能)依托Mcloud平台免费向用户开放使用。告别Linux编辑代码提交任务的模式,Q-Flow可在浏览器里通过拖拽图形化的第一性原理计算功能组件,快捷计算电子结构、输运性质、光学性质、振动性质、极化性质、力学性质,如能带、态密度、介电常数、贝里相位、有效质量、声子谱、弹性常数等,性质计算模板由一个或多个计算组件构成;Q-Studio基于jsmol的建模功能无需安装任何软件/插件,通过web端即可在线完成格式转换和可视化建模工作,并可对模型进行个性化的二次编辑,快速进行分子、晶体等结构建模,模型可导出到Q-Flow进行性质模拟计算,大幅度降低用户使用门槛和学习壁垒。
自7月完成V2.0版本升级以来,历时4个月,本次V2.1版本新增了40余项新功能及拓展优化,欢迎大家注册使用。
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Q-Flow新增功能
新增组件:过渡态计算
支持进行NEB和CI-NEB计算和过渡态续算:可查看过渡态势垒、过渡态路径(自动生成可视化模型进行框选原子操作)结果,支持查看过渡态迁移轨迹动画。
结构优化组件新增功能
高级参数设置新增开关:新增时间反演对称性开关、空间对称性开关并可调节精度选项,新增溶剂效应开关,下拉选项中新增多样配置;
溶剂效应新增选项:开启溶剂效应开关后,在下拉选项中可依次选择离子浓度设置开关和固定电势计算开关,固定电势开启后采用固定费米能的方法模拟恒定外电极电势环境;
溶剂效应新增模型:溶剂效应开启后(即使用隐式溶剂模型),下设的介电常数设置新增三种模型:中性原子电荷密度、带修正项的中性原子电荷密度和自洽电荷密度模型,可设置溶剂介电常数、溶质腔表面张力和压强,默认参数为水溶液环境;
计算结果新增在线模型:查看结构优化结果时选择溶剂效应模型,可以自动生成溶剂、溶质、溶质腔三维模型;
自洽计算组件新增功能
高级参数设置新增开关:新增时间反演对称性开关、空间对称性开关并可调节精度选项,新增溶剂效应开关,下拉选项中新增多样配置;
溶剂效应新增选项:开启溶剂效应开关后,在下拉选项中可依次选择离子浓度设置开关和固定电势计算开关,固定电势开启后采用固定费米能的方法模拟恒定外电极电势环境;
溶剂效应新增模型:溶剂效应开启后(即使用隐式溶剂模型),下设的介电常数设置新增三种模型:中性原子电荷密度、带修正项的中性原子电荷密度和自洽电荷密度模型,可设置溶剂介电常数、溶质腔表面张力和压强,默认参数为水溶液环境;
计算结果新增查看部分电荷密度结果:完成自洽计算后,除查看总电荷密度结果外,新增查看部分电荷密度结果,支持在线提交处理;
计算结果新增在线模型:查看自洽计算结果时选择溶剂效应模型,可以自动生成溶剂、溶质、溶质腔三维模型。
原子轨道投影组件新增功能
计算结果新增查看部分原子态密度和局域态密度结果:除查看总态密度、分波态密度结果外,新增两项结果查询;
查看部分原子态密度结果时新增可视化框选原子功能:支持通过Q-Studio接口在线框选原子,完成可视化查看。
分子动力学组件新增功能
高级参数设置新增开关:新增时间反演对称性开关、空间对称性开关并可调节精度选项;
结果处理设置新增开关:新增径向分布函数开关,支持计算总径向分布函数和部分径向分布函数,新增均方位移开关,支持计算各元素平均均方位移和部分原子均方位移,查看部分原子均方位移结果时新增可视化框选原子功能:支持通过Q-Studio接口在线框选原子,完成可视化查看;
计算结果新增分子动力学轨迹动画:在查看分子动力学计算结果时,新增分子动力学轨迹动画查看。
含时密度泛函组件新增功能
高级参数设置新增开关:新增时间反演对称性开关、空间对称性开关并可调节精度选项。
覆盖所有组件的新功能
组件报错提示:计算过程收到错误提示可以查看错误原因,包括并不限于结构优化未收敛、电子自洽未收敛等问题,收到提示的警告组件仍然可以继续连接其他组件进行工作流计算;
删除组件:收到提示的警告组件可以在编辑模式中删除;
速率优化:优化组件查看进度页面。
修复日志
修复了再次编辑工作流时高频介电函数模板中自洽计算组件缺少k点限制的问题;
修复了从本地上传结构后,DFT+U参数不会自动更新的问题;
修复了声子模式组件手动输入特殊q点路径时报错的问题;
其他参数上下限调整。
Q-Studio新增功能
新增等值面显示样式
支持调整电荷密度可视化的模式、等值面水平、颜色和透明度。
新增体积数据设置
支持进行电荷密度的加、减等操作,如计算差分电荷密度,支持对电荷密度文件进行单位转换。
新增自动成键、计算氢键功能
新增自动加氢功能
新增复制、粘贴原子功能
查看布里渊区新增功能
新增自定义高对称点、自定义高对称点路径,支持设置k点密度并导出文件。
构建异质结构新增功能
新增镜像操作、复制边界原子、处理孤立体系功能。
构建无序结构新增功能
修复日志
修复pdb格式转cif格式报错问题;
修复PWmat格式文件读取报错问题;
修复重新查找对称性为p1时误判的问题;
修复拖拽文件后撤销会回到上一结构的初始状态问题;
修复在多个组时建组撤销问题;
其他菜单、工具栏布局调整。
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